หลวงพ่อดำเกิดที่จังหวัดสงขลา ในวัยเด็กของท่านได้รับการศึกษาเบื้องต้นจากบิดาจนสามารถอ่านออกเขียได้
เมื่ออายุ 19 ปี ท่านได้บรรพชาเป็นสามเณรที่วัดนาทับ และได้ศึกษาภาษาขอมทั้งขอมไทยและขอมบาลีจนมีความเชี่ยวชาญ แต่ต่อมาท่านได้ลาสิกขาชั่วคราวเนื่องจากอาพาธและจำเป็นต้องใช้ยาที่มีส่วนผสมของสุรา
หลังจากหายจากอาการป่วย ท่านได้อุปสมบทอีกครั้งในวัย 22 ปี โดยได้รับฉายาว่า “นนฺทิยมาโน”
หลังจากบวช ท่านได้เดินทางไปศึกษาพระปริยัติธรรมที่กรุงเทพฯ โดยเข้าจำพรรษาที่วัดบวรนิเวศวิหาร และได้รับการเปลี่ยนฉายาใหม่จากสมเด็จพระสังฆราชเจ้า กรมหลวงชินวรสิริวัฒน์ เป็น “นนฺทิโย” ซึ่งหมายถึง
“ผู้เป็นที่ตั้งแห่งความเพลิดเพลิน”
ท่านได้รับการฝากฝังให้ศึกษาพระปริยัติธรรมที่วัดมหาธาตุยุวราชรังสฤษฎิ์ แต่ท่านไม่ได้เข้าสอบสนามหลวง
เพราะเน้นการศึกษาเพื่อความเข้าใจและการปฏิบัติ เมื่อท่านกลับมาปัตตานี ท่านได้ประจำอยู่ที่วัดมุจลินทวาปีวิหาร อำเภอหนองจิก และได้เปิดสอนพระปริยัติธรรมแผนกธรรมที่วัดนี้ หลวงพ่อดำเป็นพระผู้ปฏิบัติดี และ มีเมตตา
ท่านมุ่งเน้นการพัฒนาทั้งงานคณะสงฆ์และการก่อสร้างสังฆเสนาสนะ แม้จะมีภาระงานมาก แต่ท่านยังคงปฏิบัติสมณกิจอย่างเคร่งครัด เช่น การเดินจงกรมทุกคืนเป็นเวลาหลายชั่วโมง และนั่งสมาธิเป็นประจำ
พุทธศาสนิกชนทั่วทั้งปัตตานีต่างเคารพศรัทธาในหลวงพ่อดำ และมักมาแวะสักการะรูปเหมือนของท่าน ที่วัดมุจลินทวาปีวิหาร
